La Diputación de Linajes o Diputación de Arneses, es el órgano ejecutivo de la Casa Troncal de los Doce Linajes. Estará integrada por doce diputados y tendrá como principales funciones las siguientes: convocar la Asamblea General de Linajes y señalar los asuntos que hayan de tratarse en la misma; preparar los informes, propuestas y demás extremos que hayan de someterse a la Asamblea General de Linajes; aprobar los expedientes que se instruyan para la concesión de nuevos ingresos e informar de los mismos a la Asamblea General de Linajes; designar a los miembros que hayan de concurrir en representación de los Doce Linajes de Soria a aquellos actos o conmemoraciones a los que no haya de concurrir toda la Diputación; ostentar la representación de la Casa Troncal; redactar y aprobar los Reglamentos e Instrucciones que sean convenientes para la práctica de actividades, ceremonias y solemnidades tradicionales; administrar los bienes y derechos propios de la Casa Troncal.
Los Diputados de la Casa Troncal son los siguientes:
1.- Diputado Presidente Don Pedro José Bartolomé Fuentes
Ostenta la representación legal de la Casa Troncal de los Doce Linajes de Soria y presidirá, cuando le sea posible, todos los órganos de esta corporación.
2.- Diputado Vice-Presidente Don Javier García-Bernal Cuesta
3.- Diputado Secretario Archivero General Don Fernando Martínez Larrañaga
4.- Diputado Vice-Secretario Archivero General
5.- Diputado Mayordomo-Tesorero Don Eduardo Torquemada Melero
6.- Diputado Juez y Escribano de Linajes Don Fernando Martínez Larrañaga
7.- Diputado Juez de Linajes Don Daniel Jesús García Riol
8.- Diputado de Protocolo y Ceremonial Dr. Don Ignacio José Ayestarán Martínez
Relaciones con otras Asociaciones, Corporaciones y Órdenes de Caballería: Vacante