En una reunión que celebró el Patronato del monasterio Alto en el palacio episcopal de Jaca el 28 de julio de 1947 para reanimar la actividad del mismo , surgió, entre otras, la iniciativa de crear una asociación de caballeros, bajo la jurisdicción episcopal, que tuviese como finalidades la promoción del culto público a san Juan bautista en aquel venerado lugar, la perfección cristiana de sus miembros, la difusión de cuanto representan los monasterios y promover su restauración en vistas a la instalación de una congregación religiosa.

Con motivo de la festividad del martirio de San Juan Bautista, 24 de Junio de 1949, en el monasterio Alto, monseñor José María Bueno Monreal, obispo de Jaca, firmaba el Decreto de erección de la Hermandad de Caballeros de San Juan de la Peña. Al mismo tiempo, bajo la dirección espiritual del prelado Jaques se constituía una junta gestora provisional formada por don Miguel Sancho Izquierdo, José María García Berenguer, José María Sánchez Ventura, Fernando Solano, Juan Lacasa, José Sinués, José Antonio Cremades, Eduardo Cativiela, Antonio Uceda, Moisés García Lacruz y Joaquín Albareda. El mismo don José María Bueno Monreal, preconizado ya obispo de Vitoria, aprobó los Estatutos el 25 de agosto de 1950.
La Hermandad, que en la actualidad cuenta un buen número caballeros y damas, ha sido durante estos cuarenta y cinco años una gran valedora de lo que supone para la historia de Aragón el conjunto pinatense.
Fue primer Hermano Mayor don Miguel Sancho Izquierdo hasta que en 1970 le sucede don José Joaquín Sancho Dronda, permaneciendo éste en el cargo durante decádas ,tras sucesivas reelecciones,por su buen hacer en beneficio de la institución.
Desde 1972 don Juan Carlos de Borbón, entonces Príncipe de España, es Hermano Mayor Honorario.

La Hermandad celebra anualmente la fiesta titular, en sus primeros tiempos, el 29 de agosto para conmemorar la degollación de San Juan Bautista, y en la actualidad el último domingo de julio. A partir de la década de los ochenta esta fiesta toma un especial relieve ya que, junto a los miembros de la Hermandad, asisten los obispos aragoneses y autoridades autonómicas. Con esta celebración se quiere continuar la costumbre de los antiguos monjes moradores del cenobio de tener anualmente un devoto recuerdo por los monarcas aragoneses allí enterrados.
En algunos de estos años han participado en esta celebración los coros de monjes benedictinos de Leire, Silos y Valle de los Caídos, engrandeciendo aún más si cabe los actos con su presencia y sus cantos.

Quzás menos conocida, pero de gran eficacia, ha sido la labor de difusión del significado de este histórico lugar que ha llevado a cabo la Hermandad, realizando gestiones ante los organismos oficiales para remozar las vías de acceso y lograr obras constantes de restauración y conservación.
Por todo lo que hemos comentado, la Hermandad es una valedora y una mejor divulgadora de la cultura de Aragón , realizando gran empeño en el mantenimiento del conjunto pinatense
Sus Miembros visten capa azul y usan como empresa o distintivo de la hermandad un escudo cortado: 1º de gules, un agnus Dei, en su colorsobre un monte al natural. 2º de sable,el Cáliz de la última Cena en gules.Acolada al escudo una cruz muy similar a la de Malta.